يتمثل احد الجوانب المركزية في المناطق الصحراوية في موضوع التلوث. يتمثل في عملية تغطية تدريجية لسطح الوحدة بواسطة جسيمات دقيقة(رمل او غبار) ونتيجة لطبقة الغبار هذه, فان ضوء الشمس الحالي سوف يمتص او ينعكس, ويمكن ان تستخدم الخلايا الشمسية ضوءا اقل مما يؤدي الى تقليل انتاجية الطاقة للوحدة.
يمكن ان تظهر ايضا المناطق الصحراوية ذات المستويات العالية من الغبار المحمول في الهواء مستويات عالية من الرطوبة, مما يؤدي الى ظهور اسطح رطبة في الصباح بسبب الندى, جنبا الى جنب مع الجفاف اثناء النهار. تعزز هذه الدورات اليومية الرطبة والجافة ما يسمى بعملية التثبيت, والتي تزيد بشكل كبير من التصاق الجزيئات على اسطح الوحدات الكهروضوئية وبالتالي تؤثر بشكل كبير على التلوث. يعتبر الاسمنت احد أهم اسباب تراكم الغبار العالي على الاسطح, حيث تلتصق هذه القشور بقوة بحيث لا يمكن ازالتها عن طريق التنظيف الطبيعي عن طريق الرياح. ونتيجة لذلك, بعد التعرض للاسمنت, يجب تنظيف الاسطح في الغالب بكميات كبيرة من المياه عن طريق عمالة كبيرة, وهو ما يستغرق وقتا طويلا ويسبب تكاليف باهظة.